Будет ли передан сертификат программы «Посол Nintendo 3DS» с одной системы на другую?

Да, он будет передан. В случае, если сертификат был на обеих системах, сертификат системы, с которой передаются данные (исходная система) перенесется на другую систему (целевая система). Сертификат, который был на целевой системе, удалится.