Существует множество способов играть на системах линейки Nintendo 3DS. В дополнении к управлению кнопками играми можно управлять, наклоняя систему, или с помощью сенсорного дисплея, используя стилус, похожий на ручку. Встроенные в систему камеры позволяют добавлять в игры изображения из реального мира. Вы можете также управлять играми, дуя или говоря в микрофон.

В системах New Nintendo 3DS и New Nintendo 3DS XL появились дополнительные органы управления. Новые кнопки ZL и ZR, а также стик C расширят варианты управления. Теперь в системах доступны возможности, которые раньше можно было получить только с помощью дополнительных аксессуаров: кнопки движения pro или кнопки движения pro XL.