Служба поддержки Nintendo приветствует вас

Техническая поддержка для консолей, игр, приложений и сервисов Nintendo

Можно ли передать только часть данных сохранения или часть приложения с карты microSD?

Нет, с карты microSD можно совершить только полную передачу данных сохранения или приложения.